Первый в мире специализированный Институт теплофизики организован в Новосибирске среди первых институтов Сибирского отделения Академии наук СССР на основании постановления Президиума Академии наук СССР от 7 июня 1957 года № 448. Возглавил институт академик И.И. Новиков - признанный специалист в области технической термодинамики и теплофизических свойств веществ.
С 1964 по 1986 гг. институтом руководил выдающийся ученый-теплофизик, академик С.С. Кутателадзе, внесший значительный вклад в такие направления теплофизики и теплоэнергетики как гидродинамическая теория кризисов кипения, теория подобия процессов теплообмена при физико-химических превращениях, предельные относительные законы трения и теплообмена в турбулентных пограничных слоях, исследование теплоотдачи и гидродинамики жидких металлов. В 1994 г. Институту теплофизики присвоено имя С.С. Кутателадзе.
Академик В.Е. Накоряков, директор Института с 1986 по 1997 гг., развил ряд новых научных направлений, среди которых волновая динамика двухфазных сред, процессы тепломассопереноса в пористых средах, гидродинамика газожидкостных потоков, абсорбционные термотрансформаторы, электродиффузионный метод диагностики потоков.
В декабре 1991 г. в связи с созданием Российской академии наук (РАН) Институт вошел в состав Сибирского отделения РАН.
С 1997 по 2017 гг. институтом руководил академик С.В. Алексеенко. За этот период значительное развитие получили исследования в области теплофизических основ создания нового поколения энергетических и энергосберегающих технологий и установок, теплофизических свойств веществ, динамики разреженных газов и плазмы. Созданы современные приборы и методики для оптической диагностики процессов в однофазных и многофазных средах.
По распоряжению Правительства РФ от 30.12.2013 № 2591-р Институт передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).
С 2017 г. Институтом руководит академик РАН Д.М. Маркович. Развиваются методы управления турбулентной структурой и интенсивностью тепломассопереноса с практическим применением при проектировании и оптимизации широкого класса аппаратов в энергетике и авиационном двигателестроении. Развиваются научные основы, разрабатываются диагностические комплексы на основе панорамных оптических методов (PIV и др.) для исследования процессов в теплофизике, энергетике и машиностроении. Аппаратура, выпускается серийно, успешно эксплуатируется в ряде научных, образовательных и производственных организаций.
По распоряжению Правительства РФ от 27.06.2018 № 1293-р Институт передан в ведение Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (Минобрнауки России).
Обнаружено явление сильного воздействия нестационарной температуры стенки на структуру турбулентного потока в каналах. Установлена возможность резонансного увеличения интенсивности теплообмена («тепловой резонанс»), в условиях которого интенсивность процессов может быть увеличена в 5 и более раз по сравнению со стационарными потоками;
Получено экспериментальное подтверждение существования ударной волны разрежения (УВР) вблизи критической точки. Обнаруженная УВР является простым и эффективным инструментом для исследования аномального поведения теплоемкости, сжимаемости и кинетических коэффициентов в критической точке.
Разработаны научные основы построения математических моделей сложных многофазных систем. Построена асимптотическая теория распространения слабонелинейных волн в жидкости с пузырьками газа и пара, учитывающая все основные особенности таких сред (нелинейность, диссипацию, дисперсию скорости звука, наличие процессов межфазного тепло- и массообмена.
Предложена асимптотическая теория пограничного слоя с исчезающей вязкостью, позволяющая без использования эмпирических данных получить предельные относительные законы трения и тепломассопереноса, учитывающие влияние на течение широкого спектра возмущающих факторов – пористого вдува, неизотермичности, сжимаемости, градиента давления и т.д.
Разработаны новые технологии и оборудование для энергетики и энергосбережения: новые методы переработки и сжигания угля; топливные элементы различного типа; плазмохимический метод получения тонкопленочных солнечных элементов; плазмотроны для розжига и подсветки пылеугольных котлов, для металлургии, для утилизации отходов.
Разработаны и внедрены в производство энергосберегающие технологии для жилищного строительства: энергосберегающие источники света индукционного типа; ульразвуковые расходомеры и теплосчетчики.
Разработана серия лазерно-доплеровских измерителей скорости потока и приборы полевой диагностики однофазных и многофазных течений.
Разработаны специализированные пакеты программ для моделирования процессов в энергетике.
в 1969 году академик Кутателадзе С.С. за работы по теории теплообмена при кипении и теории турбулентного пограничного слоя с исчезающей вязкостью.
в 2007 году академик Накоряков В.Е. за научные исследования в области теплофизики и водородной энергетики;
в 2018 году академик Алексеенко С.В. за исследования и разработки в области теплоэнергетики и систем теплопередачи, повышения ресурсного обеспечения человечества.
в 2017 году Скрипкин С.Г., Цой М.А. удостоены Золотой медали и премии Алфёровского фонда за лучшую исследовательскую работу в области естественных наук для молодых ученых (до 33 лет) в номинации «Энергетика».
в 2012 году Алексеенко С.В., Волчков Э.П., Терехов В.И. (в составе авторского коллектива) удостоены премии в области науки и техники за разработку эффективных устройств и вихревых технологий для энергетики;
в 2013 году Накоряков В.Е., Барташевич М.В., Горшков В.Г., Григорьева Н.И., Елистратов С.Л., Мухин Д.Г., Попов А.В. (в составе авторского коллектива) удостоены премии в области науки и техники за разработку и внедрение абсорбционных термотрансформаторов;
в 2014 году Маркович Д.М., Бильский А.В., Наумов И.В., Меледин В.Г. (в составе авторского коллектива) удостоены премии в области науки и техники за разработку научных основ, создание и внедрение оптико-информационных методов, систем и технологий бесконтактной диагностики динамических процессов для повышения эффективности и безопасности в энергетике, промышленности и на транспорте;
в 2017 году Двойнишников С.В., Дулин В.М., Токарев М.П., Кабардин И.К., Куликов Д.В. (в составе авторского коллектива) удостоены премии в области науки и техники для молодых ученых за разработку и внедрение оптических систем регистрации параметров рабочих процессов для повышения эффективности энергетических технологий.
в 2021 году Ануфриев И.С., Бутаков Е.Б., Копьев Е.П., Шадрин Е.Ю. (в составе авторского коллектива) удостоены премии в области науки и техники для молодых ученых за 2020 год за разработку и внедрение инновационных научно-технических решений для повышения энергоэффективности и экологической безопасности технологий сжигания органического топлива.
в 1978 году Чеботаев В.П. удостоен звания Лауреата Ленинской премии за цикл работ по нелинейным узким резонансам в оптике и их применению.
в 1982 году Жуков М.Ф. за разработку и создание мощных плазмотронов;
в 1983 году Кутателадзе С.С., Накоряков В.Е., Покусаев Б.Г., Шрейбер И.Р. (в составе авторского коллектива) за цикл работ «Волновая динамика газожидкостных систем»;
в 1985 году Миронов Б.П., Рубцов Н.А. за фундаментальные исследования в области газодинамики.
в 1988 году Кутателадзе С.С., Волчков Э.П., Лебедев В.П., Терехов В.И., Леонтьев А.И. за цикл работ по исследованию теплообмена и эффективности газовых завес;
в 1990 году Бурдуков А.П., Кашинский О.Н., Накоряков В.Е. (в составе авторского коллектива) за цикл теоретических и экспериментальных исследований нестационарного переноса в однофазных и двухфазных потоках.
в 1981 году Ковалев А.А. за работу по детектированию малых атмосферных примесей;
в 1982 году Борисов Ал.А., Борисов Ан.А. за работу «Экспериментальное обнаружение ударной волны разряжения вблизи критической точки <жидкость - пар>»;
в 1982 году Кирпичников А.В., Коноплин С.Н. за разработку пассивных лазерных затворов;
в 1983 году Алимпиев В.И., Сорокин А.Л. за работу в области прикладной термогазодинамики.
в 2016 году Накоряков В.Е. награжден Орденом «За заслуги перед Отечеством» III степени за большой вклад в развитие науки, образования, подготовку высококвалифицированных специалистов и многолетнюю плодотворную работу.
в 2021 году Алексеенко С.В. награжден медалью Ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени за большие заслуги в научно-исследовательской деятельности и многолетнюю добросовестную работу